学科建设办公室成立于1996年1月，是院学科建设领导小组的下设机构。主要负责学校学科建设与发展规划的制订及落实、重点学科的建设与管理、申请新增硕士点的申报等工作。
　　目前，我院已有车辆工程、会计学、劳动经济学等3个重庆市重点学科（其中车辆工程为重庆市“十五”期间重点建设的重点学科）。2004年10月，我院的3个重庆市重点学科通过了重庆市教委组织的中期检查。同时，我院确定了车辆工程、会计学、劳动经济学、测试计量技术及仪器等4个学科为院级重点学科。车辆工程、会计学两个学科专业还被确定为我院首批建设的品牌学科。2003年，我院以优异的成绩通过了申请新增硕士学位授予单位整体条件评估，并有车辆工程、材料加工工程、测量计量技术及仪器、会计学等4个学科专业获得硕士学位授予权。为加快我院硕士点的增长速度，促进学科建设的跨越式发展，同年10月，我院立项建设11个准硕士点。
在创建重庆理工大学的历史时刻，我院将继续以学科建设为龙头，努力营造学术氛围，不断提高学科建设水平，为重庆理工大学的诞生作出新的贡献。