下设机构
| 生物工程系 |
| 生物工程系目前师资有20人，有硕士或博士学位的师资占95%。其中教授5名（均有国外留学研究经历），副教授2名，中级职称6名。有博导一名。 根据本地区经济发展和专业建设发展的需要，将逐渐加大在发酵工程、基因工程、酶工程等领域的专业建设力度。欢迎在生物技术领域有扎实理论基础和丰富实践经验的高层次人才加盟我们的队伍。 生物工程专业目前的研究领域主要有如下方面： |
| 化学工程系 |
| 化学工程系是一个学历层次较高、职称结构合理、充满生机和活力的专业系。经过几年来的建设，已拥有一支理论基础深厚、科研教学能力强的师资队伍。目前本系专兼职教师共19人，其学历结构为：博士3人，硕士12人，青年教师中具有研究生学位的比例达80%。职称结构为：教授1人，副高职6人，中级职称5人。教师的专业领域涉及计算化学与化工、无机非金属材料、功能材料制备和应用、物理化学、生物分离工程、环境生物技术、环境化工、精细化工等。 化学工程系具有较强的科研能力。近年来，在国内外学术期刊及学术会议上发表学术论文110篇，其中被SCI、EI、ISTP收录40篇。目前承担的科研项目共30余项，其中国家自然科学基金项目2项，省部级项目10项。目前所承担的科研经费合计300万元。 化学工程系担任的主要课程有：无机及分析化学、有机化学、物理化学、化工原理、化工热力学、反应工程、分离工程、化工工艺学、化工设计等。其中“化工原理”为重庆工学院重点建设课程。 化学工程系有化学工程与工艺本科专业，其中有2个专业方向，即环境化工、精细化工方向。2005年起，每年招收80余名本科学生。 |
| 制药工程系简介 |
| 设有一个制药工程本科专业和一个硕士学位点微生物与生化药学。具有微生物与免疫学实验室、生物化学与分子生物学实验室、细胞生物学实验室、药学基础实验室、天然药物研究室、生物制药实验室等。配备较先进的仪器设备：液相色普仪、气相色普仪、高速冷冻离心机、超低温冰箱、PCR扩增仪、酶标仪、二氧化碳培养箱、无菌工作台等。与生物制药企业建立有长期的合作关系，是学生校外的重要实习基地。 现有在校学生158人。专任教师12名，教授（研究员）6人，副教授（副研究员）3人，讲师3人。具有硕士学位以上教师10人，具有博士学位教师6人，在读博士2人。海外留学回归人员5人。其中1人为全国科技进步带头人，2人为重庆市学术技术带头人后备人选。承担有国家863项目、国家教委项目和重庆市攻关项目以及企业合作项目多项，年科研经费300余万元。着重应用研究。主要研究项目有：艾滋病长效新药研究、重组基因工程药物新药研究、天然药物新药研究、禽流感快速诊断新技术研究等。具有高级职称教师平均每年发表论文3篇以上。多数论文被SCI、EI、CA、BA收录。受理和获得的专利20余项，向企业转化科技成果3000余万元。每年推出1－2个新药。 以生物制药和天然产物制药为本科专业培养特色。硕士学位研究方向包括生物技术制药、多肽药物和天然药物新药研究。培养生物制药的高新技术应用型人才。 |
| 生物医学工程系简介 |
| 生物医学工程系设有一个生物医学工程本科专业和一个生物医学工程硕士（一级学科）学位点。设有重庆市信息产业局“数字医疗”工程中心、生物医学传感器实验室、中英联合数字医疗实验室、法医生物技术重点实验室、信息安全技术研究所、环保与生态制冷技术研究所、生物医学工程研究所等。 目前有专任教师13人，其中博导一名，教授7名（均为海外留学回归人员），副教授2名，中级职称3名。有硕士或博士学位的师资占95%。目前有在读硕士生7名。 生物医学工程系具有较强的科研能力。近年来，在国内外学术期刊及学术会议上发表学术论文100余篇，其中被SCI、EI、ISTP收录20余篇。目前承担的科研项目共30余项，其中国家自然科学基金项目2项，省部级项目10项。目前所承担的科研经费合计200余万元。 生物医学工程系有生物医学工程本科专业，其中有2个专业方向，即生物医学工程方向和生物医学材料方向。 |
